Atriyal septal defekt, kalbin sağ ve sol kulakçıkları arasındaki septum primum ve septum secundum embriyonik gelişim sırasında düzgün gelişmediğinde ortaya çıkar. Oksijensiz kan ile oksijenli kanın karışmasına neden olur. Bu tür küçük defektler herhangi bir soruna veya belirtiye neden olmazken, daha büyük olanlar çeşitli belirtilerle kendini belli eder. Bu tür defektler çoğunlukla yetişkinlikte, genellikle 30 yaşın üzerindeki kişilerde tespit edilir. Bazen bu tür defektler, kalp kapakçıklarının şeklindeki deformiteler veya çeşitli genetik sendromlar gibi başka hastalıkların bir parçasıdır.
Ventriküler septal defekt doğuştan olabileceği gibi sonradan da oluşabilir. Genellikle çocukluk çağında ortaya çıkan daha ciddi bir sorundur. Çocukluk çağında annenin hamileliğindeki sorunlardan, yetişkinlikte ise örneğin miyokard enfarktüsünün bir sonucu olarak ortaya çıkabilir. Bu defektte küçük bir yırtığın kendiliğinden kapanma eğilimi vardır. Bu defekt aynı zamanda sol-sağ şanta neden olur ve genellikle kalp ritmi ve solunum sorunlarıyla birlikte görülür.