Yumurtalık kistlerinin tedavisi kistin tipine, nedenine, büyüklüğüne, kadının yaşına bağlıdır. Kisti yakalamaktan ameliyata kadar her aşamada takip edilir.
Doğurganlık çağındaki kadınlarda meydana gelen kistlerin çoğu fonksiyonel kistlerdir. 3 ay içinde doğal olarak çözülürler, ancak komplikasyonlara neden olabilirler.
Kist yırtılmazsa veya kanamaya neden olursa cerrahi tedavi gereklidir.
Tedavi, kisti küçülten ilaçlar, steroid olmayan anti-enflamatuar ilaçlar ve ağrı kesicilerden oluşabilir.
Kistler tekrarladığında, yumurtlamayı ve yeni kist oluşumunu önlemek için doğum kontrol hapları verilir.
Kanserden şüphelenildiğinde, kistleri çıkarmak için genellikle laparoskopi yapılır.
Cerrahi olarak çıkarma, kistin bir kesiden çıkarılmasını ve kanseri ekarte etmek için biyopsi için bir örnek alınmasını içerir.